Kolejność przetwarzania bloków Fupla zależy od kilku czynników. Kolejność ta może mieć duże znaczenie dla wyników działania programu.
Wyznaczanie kolejności opiera się na dwóch podstawowych zasadach:
1. Blok funkcyjny przetwarzany jest dopiero wtedy, gdy wszystkie sygnały wejściowe zostały przetworzone (są gotowe)
2. Jeśli biorąc pod uwagę zasadę pierwszą na stronie znajduje się więcej niż jeden blok równoważny, to przetwarzanie rozpoczyna się od bloków umieszczonych w lewym górnym rogu, a następnie przemieszcza się od lewej do prawej i od góry do dołu.
Przydatną funkcją wbudowaną w Edytor Fupla jest wyświetlenie kolejności bloków w jakiej zostaną one przetworzone. Włączenie tej funkcji możliwe jest z poziomu menu Page -> Show FBox Priorities lub skrótem klawiszowym CTRL+SHIFT+P.
Włączenie opcji FBox Priorities w Edytorze Fupla
Po włączeniu powyższej funkcji, w lewym górnym rogu każdego bloku funkcyjnego umieszczona zostanie liczba oznaczająca kolejność przetwarzania (jako pierwszy zostanie przetworzony blok oznaczony numerem 1).
Przykładowa kolejność przetwarzania bloków Fupla